Peru liegt in drei Landschaftszonen mit jeweiligen klimatischen Besonderheiten:
Die flächenmäßig kleinste Küstenregion „Costa“ ist sehr trocken, Landwirtschaft ist oft nur in Flussoasen möglich. In dieser Region liegen auch die Hauptstadt Lima und die Atacamawüste, die trockenste Wüste der Welt. Die Temperaturen der Costa schwanken zwischen 12 °C im Winter und 35 °C im Sommer.
Im Hochland der Anden, „Sierra“ genannt, beträgt die Durchschnittstemperatur auf 3.300 Metern das ganze Jahr über hingegen nur etwa 11 °C. Von Oktober bis April kann es in der eher niederschlagsarmen Region zu heftigen Regenfällen kommen. Cusco und die Inka-Ruinenstadt Machu Picchu sind in der Sierra gelegen.
Die Regenwaldregion „Selva“ östlich der Anden macht mit rund 60 Prozent den größten Teil Perus aus. Der peruanische Regenwald ist dicht und fast undurchdringlich, Flüsse die einzigen Verkehrsadern. Die mittlere Jahrestemperatur in dieser Region beträgt 26 °C und der Jahresniederschlag erreicht bis zu 3.800 mm. Der Übergang aus der Sierra ist fließend, da es einen tropischen Bergwald gibt, in dem ein milderes Klima herrscht. In der Selva liegt Perus größtes Naturschutzgebiet Pacaya-Samiria.
